国税局に情報公開請求をし、表題の判決書を入手してみました。
事案の概要
税務署長が、原告が行った修正申告の売上げについて、原告が架空の売上げであると主張するものも含めた全額が売上げとして益金の額に算入され、また、原告が売上先の出張所所長に交付した現金は「交際費等」に該当し損金の額に算入されないなどとして、本件各更正処分等及び本件青色取消処分を行ったことから、これら各処分の取消しを求める事案。
基本情報
・税目：法人税
・処分行政庁：潮来税務署長
・課税年度：平成31年3月期～令和3年3月期
・提訴裁判所：東京地方裁判所
・提訴年月日：令和6年4月15日
・判決日：令和8年4月17日
・結果：一部認容
争点
・本件売上高のうち本件架空外注加工費に相当する額が、益金の額に算入され、課税資産の譲渡等の対価の額に含まれるか否か。
・原告が本件所長に交付したないし交付することを予定していた本件架空外注加工費に相当する額は、損金に算入され、売上げに係る対価の返還等の額に含まれるか否か。
・税務調査の手続に本件各処分を取り消すべき違法があるか否か。
・本件各処分の理由の提示ないし理由付記に不備があるか否か。
判決書データ
判決書テキスト
※以下は生成AIでテキスト化したものです。
主 文
１ 別紙１「認容部分目録」記載の各処分を取り消す。
２ 原告のその余の請求をいずれも棄却する。
３ 訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
別紙２「処分目録」記載の各処分を取り消す。
第２ 事案の概要
原告は、本件各事業年度に係る法人税、本件各課税事業年度に係る地方法人税及び本件各課税期間に係る消費税等について、確定申告をした。
原告は、その後、確定申告において計上した売上げの一部は、売上先の簿外資金を捻出することに協力して資金を還流させるために架空の売上げを計上したものであるから益金の額に算入されず、また、確定申告において計上した外注加工費の一部は、同様の目的で架空の外注加工費を計上したものであるから損金の額に算入されないなどとして、修正申告をした。
処分行政庁は、修正申告による架空の外注加工費の処理を是認する一方、売上げについては、原告が架空の売上げであると主張するものも含めた全額が売上げとして益金の額に算入され、また、原告が売上先の出張所所長に交付した現金は租税特別措置法６１条の４第４項に規定する「交際費等」に該当し、損金の額に算入されないなどとして、別表１ないし３の「更正処分等」欄のとおり、各更正処分（以下「本件各更正処分」という。）、過少申告加算税及び重加算税の各賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい、本件各更正処分と併せて「本件各更正処分等」という。）並びに法人税の青色申告の承認の取消処分（以下「本件青色取消処分」といい、本件各更正処分等と併せて「本件各処分」という。）をした。
本件は、原告が本件各処分（ただし、更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分については別紙２「処分目録」記載の各金額を超える部分）の取消しを求める事案である。
１ 関係法令の定め
別紙３「関係法令」記載のとおり（同別紙に掲げる条文中で定義された用語は、本文においても用いる。）
２ 前提事実
以下の各事実については、当事者間に争いがないか、後掲各証拠（断りのない限り各枝番を含む。）及び弁論の全趣旨により、容易に認められる。
(1) 当事者等
ア 原告は、土木工事業等を目的として、■に設立された内国法人であり、設立から現在に至るまで、原告代表者が代表取締役を務めている（甲１１）。
イ ■（以下「本件売上先」という。）は、化学工業用プラントの設計施工請負等を目的として、■に設立された内国法人である（甲１２）。本件売上先は、■に出張所である■を有していた（以下、本件各事業年度当時の当該出張所の所長を「本件所長」という。）。
ウ ■（以下「本件外注先」という。）は、配管工事や機械据付け工事業等を目的として、■に設立された内国法人であり、■に商号を「■」に変更した（甲１４）。
(2) 経理処理及び金銭の授受等
ア 原告と本件売上先との取引
(ｱ) 原告は、平成２６年２月頃から、本件売上先から土木工事や配管工事を受注していた（甲２０・１ページ、甲３２、５０）。
(ｲ) 本件売上先は、平成３０年３月２０日から令和３年３月３１日までの日付けで、注文先を原告として、別表４－１ないし４－３「工事名」欄記載の各工事（以下「本件各工事」という。）及び同各別表「金額」欄記載の金額をそれぞれ記載した「外注要求書 兼 検収確認書 兼 注文書（控）」を作成した（乙６・資料７）。
(ｳ) 原告は、本件売上先に対し、別表４－１ないし４－３「請求書発行日」欄記載の日（平成３０年４月２０日から令和３年３月３１日まで）付けで、本件各工事について、同各別表「金額」欄記載の金額で、「請求書」（以下「本件各売上請求書」という。）をそれぞれ発行し、その控え（以下「本件各売上請求書控」という。）を保存した（乙６・資料１）。
(ｴ) 原告は、別表４－１ないし４－３「計上日」欄記載の日（平成３０年４月２０日から令和３年３月３１日まで）付けで、本件各売上請求書控に基づき、本件各工事について、別表４－１ないし４－３「金額」欄記載の金額（以下「本件売上高」という。）を総勘定元帳（以下「本件各総勘定元帳」という。）の「売上高」勘定、「売上高１」勘定又は「工事売上高」勘定にそれぞれ計上した（乙６・資料２）。
(ｵ) 原告は、乙第６号証別表２「領収証（控）（資料４）銀行預金履歴（資料５－１ないし５－３）」欄又は「銀行預金履歴（資料５－１ないし５－３）」欄記載の決済日（平成３０年５月１８日から令和３年４月２６日まで）に、本件売上先から、本件売上高から原告が負担すべき「研修図書費」や「健診料」などの費用が控除された額を、原告名義の普通預金口座への振込又は手形により受領した（乙６・資料４及び５）。
イ 原告と本件外注先との取引
(ｱ) 本件外注先は、平成３０年７月３１日から令和３年４月１日までの日付けで、別表５－１ないし５－３「工事名」欄記載の架空の各工事及び同各別表「金額」欄記載の架空の金額をそれぞれ「御請求書」に記載し、原告に対して交付した（甲２１、乙７・資料１）。
(ｲ) 原告は、別表５－１ないし５－３「計上日」欄記載の日（平成３０年７月３１日から令和３年３月３１日まで）付けで、前記(ｱ)の請求書に基づき、別表５－１ないし５－３「金額（税込）」欄記載の金額（以下「本件架空外注加工費」という。）その他の外注加工費を本件各総勘定元帳の「外注加工費」勘定（乙７・資料２）にそれぞれ計上した。
(ｳ) 原告は、乙第７号証別表１ないし３「買掛金支払日」欄記載の日（平成３０年８月３１日から令和３年３月３１日まで）に、本件外注先に対し、本件架空外注加工費（ただし、別表５－３順号３０ないし３３の合計８４１万５０００円を除く。）を振込み又は手形により支払った（乙７・資料３及び４）。
ウ 資金の還流
(ｱ) 本件外注先の代表者は、前記イ(ｳ)の後、原告代表者に対し、本件架空外注加工費（ただし、別表５－３順号３０ないし３３の合計８４１万５０００円を除く。）に相当する額の金銭をそれぞれ現金で交付した。その後、原告代表者は、本件所長に対し、本件外注先の代表者から受領した金銭の額と同額の金銭を、それぞれ現金で交付した。（甲２１、乙７）
(ｲ) 原告は、前記(ｱ)の金銭の授受を本件各総勘定元帳に記載しなかった。
(3) 確定申告等
ア 原告は、本件各事業年度に係る法人税、本件各課税事業年度に係る地方法人税及び本件各課税期間に係る消費税等について、別表１ないし３の「確定申告」欄のとおり申告した（乙８の１ないし乙９の３）。
イ 原告は、令和２年４月１３日、潮来税務署長に対し、法人税法（令和２年法律第８号による改正前のもの。以下同じ。）１２２条１項に規定する青色申告の承認の申請書を提出し、令和３年３月期以後の事業年度の法人税について青色申告の承認を受けた（乙１）。
(4) 税務調査及び修正申告
ア 潮来税務署所属の調査担当職員及び関東信越国税局の調査担当職員（両者を併せて「本件調査担当職員」という。）は、令和３年８月２３日、原告に対する実地の調査に着手した。
イ 本件調査担当職員は、令和４年３月９日、原告に対し、国税通則法７４条の１１第２項が規定する調査結果の内容の説明（以下、「本件当初調査結果説明」という。）を行うとともに、同条３項が規定する修正申告の勧奨等をした（甲１５、乙１１）。
ウ 原告は、令和４年３月１２日、本件各事業年度の法人税、本件各課税事業年度の地方法人税及び本件各課税期間の消費税等について、別表１ないし３の「修正申告」欄のとおり記載した修正申告書（以下「本件各修正申告書」という。乙１２、１３）を提出した。
エ 本件調査担当職員は、令和４年４月１３日、本件各修正申告書の内容が前記イの説明の内容と異なっているとして、調査を再開した（甲１６）。
オ 本件調査担当職員は、令和４年９月１３日、再度、原告に対し、国税通則法７４条の１１第２項が規定する調査結果の内容の説明を行うとともに、同条３項が規定する修正申告の勧奨等をした（乙２２）。
(5) 本件各処分
潮来税務署長は、令和４年１０月７日付けで、原告に対し、別表１ないし３の「更正処分等」欄のとおり本件各更正処分等をした（甲１ないし９）。
また、潮来税務署長は、同日付けで、令和３年３月期において法人税法１２７条１項３号に規定する青色申告の承認の取消事由があるとして、原告に対し、本件青色取消処分を行った（甲１０）。
(6) 審査請求
原告は、本件各処分を不服として、令和４年１１月１０日、国税不服審判所長に対して審査請求をしたところ、国税不服審判所長は、令和５年１０月１０日付けで、原告の審査請求をいずれも棄却する旨の裁決をした（甲１３）。
(7) 訴え提起
原告は、令和６年４月１５日、本件各処分の取消しを求めて訴えを提起した。
３ 争点及び争点に関する当事者の主張
(1) 本件売上高のうち本件架空外注加工費に相当する額が、益金の額に算入され、課税資産の譲渡等の対価の額に含まれるか否か（争点１）。
（原告の主張）
本件売上高のうち本件架空外注加工費に相当する額は、本件売上先の簿外資金を捻出するために本件売上先に返還することを予定して受領し、本件売上先に返還したもので、架空の売上げであるから、益金の額に算入されず、課税資産の譲渡等の対価の額に含まれない。
（被告の主張）
本件売上高は、本件売上先から受注した工事に対する対価であり、架空の売上げが含まれているとは認められないから、本件売上高の全額が原告の益金に算入され、課税資産の譲渡等の対価の額に含まれる。
(2) 原告が本件所長に交付したないし交付することを予定していた本件架空外注加工費に相当する額は、損金に算入され、売上げに係る対価の返還等の額に含まれるか否か（争点２）。
（原告の主張）
ア 仮に、本件売上高の全額が益金の額に算入されるとしても、原告は、本件売上先から、本件売上高のうち本件架空外注加工費に相当する額を受領すると同時に、本件売上先に対して同額の返還義務を負うから、同額は損失として損金の額に算入され、同義務に基づいて返還する額は、売上げに係る対価の返還等の額に含まれる（(1)の予備的主張）。
イ 原告が本件所長に交付した本件架空外注加工費（ただし、別表５－３順号３０ないし３３の合計８４１万５０００円を除く。）に相当する額の金銭は、返還合意に従い、本来の売上高を超える部分を返還して精算したものであって、事業関係者との間の親睦の度を密にして取引関係の円滑な進行を図ることを目的とするものではなく、接待、供応、慰安、贈答その他これらに類する行為でもないから、租税特別措置法６１条の４第１項に規定する「交際費等」に該当しない。
（被告の主張）
ア 原告は、本件架空外注加工費（ただし、別表５－３順号３０ないし３３の合計８４１万５０００円を除く。）に相当する額の金銭を本件売上先に交付したのではなく、本件所長個人に贈与した。したがって、原告が本件架空外注加工費に相当する額の返還義務を本件売上先に対して負っていたとはいえないから、同額は損失として損金の額に算入されず、売上げに係る対価の返還等の額に含まれない。
イ 原告が本件所長に交付した本件架空外注加工費（ただし、別表５－３順号３０ないし３３の合計８４１万５０００円を除く。）に相当する額の金銭は、租税特別措置法６１条の４第４項に規定する「交際費等」に該当することから、損金の額に算入されない。すなわち、原告が本件所長に交付した同金銭は、①「支出の相手方」である本件所長は原告の事業に関係する者であり、②「支出する目的」は本件売上先から仕事を受注することができるようにするためであったと認められるから、本件所長との間の親睦の度を密にして事業の円滑な進行を図ることを目的とするものであり、③「行為の態様」は、本件所長からの要求に従って指定された金額を交付するものであり、本件所長に対する金銭の贈与であったから、租税特別措置法６１条の４第４項に規定する「交際費等」に該当する。
(3) 税務調査の手続に本件各処分を取り消すべき違法があるか否か（争点３）。
（原告の主張）
ア 原告は本件各修正申告書を提出したことから、国税通則法７４条の１１第５項に規定する「第２項の調査（実地の調査に限る。）の結果につき納税義務者から修正申告書…の提出…があった」ことに該当するところ、本件調査担当職員は、同条５項に規定する「新たに得られた情報」がないにもかかわらず、令和４年４月１３日、原告に対し質問検査等を行った。本件各処分は、同項に違反した調査に基づいて行われたから、取り消されるべきである。
イ 本件調査担当職員は、令和４年２月１５日及び同月２８日、修正申告の勧奨に従わない場合には勧奨した修正申告の内容に比して不利益な内容の課税処分を行う旨述べた。かかる税務調査手続は、行政手続法３２条２項に違反するのみならず、租税法律主義（憲法８４条）に違反する重大な違法があるから、そのような調査手続に基づいて行われた本件各処分は取り消されるべきである。
（被告の主張）
ア 税務調査手続の単なる瑕疵は更正処分に影響を及ぼさず、調査の手続が刑罰法規に触れ、公序良俗に反し又は社会通念上相当の限度を超えて濫用にわたる等重大な違法を帯び、何らの調査なしに更正処分をしたに等しいものとの評価を受ける場合に限り、その処分に取消原因があるものと解するのが相当である。原告はその主張する調査手続の瑕疵がかかる評価を受けることについて何ら主張、立証しないから、原告の主張は失当である。
イ 本件各修正申告書における申告内容は、本件当初調査結果説明の内容と異なるから、本件各修正申告書は、国税通則法７４条の１１第２項の説明に基づいてその納税義務者から提出された修正申告書ではない。したがって、本件調査担当職員による令和４年４月１３日の質問検査等は、国税通則法７４条の１１第５項の適用場面ではないから、同項に違反するとの原告の主張は理由がない。
ウ 本件調査担当職員が、令和４年２月１５日及び同月２８日、原告に対して修正申告を勧奨した事実はない。また、本件各更正処分は、本件各更正処分の通知書に記載された理由に基づいてされたものであって、原告が行政指導に従わなかったことを理由としてされたものではないから、行政手続法３２条２項に反する違法はない。
(4) 本件各処分の理由の提示ないし理由付記に不備があるか否か（争点４）。
（原告の主張）
ア 本件各更正処分に係る理由の提示は、処分行政庁の認定に係る事実の存否を認定した根拠となる資料の出所や、名称及び当該資料が信用できることの根拠を欠くから、行政手続法１４条１項本文の趣旨に反し、違法である。
イ 本件青色取消処分に係る理由付記は、取引の全部又は一部を隠蔽し又は仮装したことを理由とするのか、それ以外のことを理由とするのか、また、隠蔽又は仮装が帳簿書類のどの部分におけるいかなる取引に関するものであるのか等が不明であり、「法人の青色申告の承認の取消しについて（事務運営指針）」（平成１２年７月３日付課法２－１０、課料３－１５、査調４－１２、査察１－３１）（以下「本件事務運営指針」という。）の処分基準の適用関係が示されていないから、法人税法１２７条４項に違反し、違法である。
（被告の主張）
ア 本件各更正処分の通知書には、処分理由として、本件各総勘定元帳、本件各売上請求書控、原告名義の普通預金口座の元帳等の証拠書類を基に認定した具体的な事実及び当該処分の算定の根拠とした本件各工事の内訳並びにこれらを踏まえて、原告の法人税における所得金額の加減算、租税特別措置法６１条の４の適用関係、消費税の課税標準額及び控除対象仕入税額の増減に関する処分行政庁の法適用の判断が記載されている。
イ 本件青色取消処分の通知書に記載された理由付記として、本件青色取消処分の基因として認定した具体的な事実及び法人税法１２７条１項３号の規定を適用して本件青色取消処分をする旨が記載されている。
ウ 上記ア及びイの理由の提示ないし理由付記は、処分行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、原告に不服申立ての便宜を与える程度のものであるから、いずれも理由の提示ないし理由付記として不備はない。
第３ 当裁判所の判断
１ 争点１（本件売上高のうち本件架空外注加工費に相当する額が、益金の額に算入され、課税資産の譲渡等の対価の額に含まれるか否か）について
(1) 認定事実
前記前提事実に加え、後掲各証拠（断りのない限り各枝番を含む。）及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。
ア 原告は、平成２６年２月頃から、本件売上先から土木工事や配管工事を単発的に受注していた（前提事実(2)ア(ｱ)、甲３２、５０）。
イ 本件所長は、平成２６年１２月頃、原告代表者に対し、「仕事をどんどん取って、業績を上げてゆくためには、いろいろと目に見えないお金も必要になる。領収書がいらないお金も必要になる。■にはぜひ■に協力してもらって、当社からの仕事をたくさん受注して成長してもらいたい。」などと述べ、本件売上先の簿外資金を捻出するための協力を依頼した。本件所長は、原告代表者に対し、具体的な方法について、原告から本件売上先にに対する請負代金額を偽って請求し、その偽った分を現金で本件所長に返金することで、本件売上先の受注に必要な資金を捻出するというもので、原告に新たな金銭的な負担が生じることはないなどと説明した。原告代表者は、本件所長の依頼を受け入れれば、原告が本件売上先から継続的に工事を受注することが期待でき、また、依頼を受け入れても原告に金銭的な負担は生じないと考え、本件所長の依頼を受け入れた。（甲２０、２１、３２、５０、原告代表者本人）。
ウ 本件所長は、その後、毎月、本件売上先の応接室において口頭で、又はファクシミリ等により、原告代表者に対し、原告が発行する請求書に記載する工事番号、工事名称及び金額並びに本件売上先に返金する金額及び時期を指示した。原告代表者は、本件所長が指示する請求書に記載する金額から本件売上先へ返金する額を差し引いた額で工事を請け負うことで「原価割れ」が生じないかを原告の「工事台帳」（後記オ）に照らして確認し、また、本件所長が指示する日に原告代表者が現金を持参することが可能か等を確認して、難しい場合にはその旨を本件所長に伝え、本件所長は、これを受けて、指示に係る返金額及び時期等を調整した。（甲２０、３２、５０、原告代表者本人・４～５頁、１３頁）
エ 本件売上先において、平成３０年３月２０日から令和３年３月３１日までの日付けで、注文先を原告として、前記ウのとおり本件所長が指示した工事名と整合する別表４－１ないし４－３「工事名」欄記載の各工事（本件各工事）及び前記ウのとおり本件所長が指示した金額と整合する同各別表「金額」欄記載の金額をそれぞれ記載した「外注要求書 兼 検収確認書 兼 注文書（控）」（乙６・資料７）が作成された（前提事実(2)ア(ｲ)）。
また、本件売上先において、前記ウのとおり本件所長が指示した工事名及び金額と整合する工事名及び金額並びにこれに対応する人工数を記載した「労務日計表」が作成された（乙６・資料６）。
オ 原告においては、通常の工事と同様に、本件売上先から受注した工事についても、毎日、工事現場ごとに、監督又は現場リーダーが、現場に出た従業員名や作業内容、材料等を記載した「作業日報」を作成していた。また、工事に従事した原告の従業員等が、毎月、各日の勤務の有無や出勤した主な現場名等を記載した「出勤簿」（甲３４）を作成していた。そして、原告の総務担当者が、各工事現場の進捗状況を把握し、また、原価を管理するため、「作業日報」及び資材の仕入先から受領した請求書に基づき、「工事台帳」（甲３３）を作成し、これに基づき仕入先への支払を行っていた。また、原告の総務担当者が、給与計算や外注費の支払の際に照合するため、「作業日報」及び「出勤簿」に基づき、「出ずら管理表」（甲３６、４７）を作成していた。
一方、通常の工事については、原告の総務担当者は、売上先に対し、「工事台帳」に記載された進捗状況に応じて請求書を発行するが、本件売上先に対しては、原告の総務担当者は、別表４－１ないし４－３「請求書発行日」欄記載の日（平成３０年４月２０日から令和３年３月３１日まで）付けで、原告において作成した「工事台帳」に記載された工事名及び金額ではなく、前記ウのとおり本件所長が指示した工事名（本件各工事）及び金額（同各別表「金額」欄記載の金額）で、本件各売上請求書をそれぞれ発行した（乙６・資料１）。（前提事実(2)ア(ｳ)、甲３５、■証人）
カ 本件売上先は、乙第６号証別表２「領収証（控）（資料４）銀行預金履歴（資料５－１ないし５－３）」欄又は「銀行預金履歴（資料５－１ないし５－３）」欄記載の決済日（平成３０年５月１８日から令和３年４月２６日まで）に、原告に対し、前記ウのとおり本件所長が指示した金額と一致する本件売上高から、原告が負担すべき「研修図書費」や「健診料」などの費用が控除された額を、原告名義の普通預金口座への振込又は手形により支払った（乙６・資料４及び５）。（前提事実(2)ア(ｵ)）
キ 原告代表者は、本件所長に対し、前記ウのとおり本件所長が指示した返金額及び時期に従って、本件架空外注加工費（ただし、別表５－３順号３０ないし３３の合計８４１万５０００円を除く。）に相当する額の金銭をそれぞれ現金で交付した（前提事実(2)ウ(ｱ)、甲２０、２１、３２、５０、乙７、原告代表者本人）。
ク 令和３年８月１７日頃、名古屋国税局は、本件売上先に対する税務調査を開始し、名古屋国税局の調査担当職員は、本件売上先に対し、本件所長が、複数の外注先に工事代金を水増しした請求書を提出させて外注費を水増しして支払い、水増しして支払った金額を外注先から現金で受け取っていたなどと説明した（甲２０）。
本件所長は、原告代表者に対し、「税務署が来た」ため、架空の請求に関して残存するメモ及びファクシミリや、「作業日報」等を全て破棄するよう指示し、原告代表者は、これらを破棄した（甲５０、原告代表者本人・５頁、８頁）。
■頃、本件所長は死亡した（甲２０・１頁）。
ケ 本件売上先は、前記クの調査において、本件所長が原告を含む複数の外注先との間での不正な取引によって受け取った現金を入金したと本件所長が説明した金融機関の口座履歴を精査し、その額について、７年間で５億４７５７万２０００円であると確定した。
本件売上先は、同金額を雑収入として計上し、同額を未収金として計上して、令和３年１１月１８日、法人税及び地方法人税（又は復興特別法人税）の修正申告をした。また、本件売上先は、原価の過大計上について仕入税額控除を減算して、同日、消費税等の修正申告をした。（甲２０）
(2) 本件売上高のうち本件架空外注加工費に相当する額が架空の売上げであるか
ア 被告は、本件売上高の全額が原告の売上げである、すなわち、原告と本件売上先との間で本件売上高の全額を請負代金とする請負契約が締結されたと主張するのに対し、原告は、本件売上高のうち本件架空外注加工費に相当する額は架空の売上げであると主張して被告の主張を否認し、原告代表者は原告の主張に沿う陳述をするため（甲２１、３２、５０、原告代表者本人）、この点につき、上記(1)の認定事実を前提に検討する。
イ 確かに、被告が指摘するとおり、原告が保有する本件各売上請求書控並びに本件売上先が保存する「労務日計表」及び「外注要求書 兼 検収確認書 兼 注文書（控）」では、本件売上高の全額が代金額として記載されており、これらの書類に記載された工番、工事名及び金額は一致している。しかし、原告代表者及び原告の総務担当者は、本件所長の指示に従い、本件売上高の全額が代金額であるかのように装って本件各売上請求書を作成した旨述べており、本件所長が原告に対してかかる指示をしたとすれば、本件売上先においても同様に仮装するために本件売上高の全額を代金額として書類を作成することは自然であるから、被告が指摘する事実は原告の主張とも整合する。したがって、本件において、被告が指摘する事実をもって、原告と本件売上先との間で本件売上高の全額を請負代金とする請負契約が締結されたと認めることはできない。
そして、原告代表者は、本件売上高のうち本件架空外注加工費に相当する額は架空の売上げである旨述解するところ（甲２１、３２、５０、原告代表者本人）、かかる供述は、本件売上先が保存する「労務日計表」（乙６・資料６）の人工数と乖離する人工数が記載された「出ずら管理表」（甲３６、４７）及び「工事台帳」（甲３３）を原告が作成し保存していた事実と整合する。また、原告代表者の供述は、本件所長が本件売上先に対する税務調査の際に回答した内容（甲２０）と一致し、本件所長からの指示に基づいて請求書を作成したという原告の総務担当者の供述（甲３５、■証人）とも一致する。そして、原告代表者、本件所長及び原告の総務担当者がかかる供述をするに至った経緯及びその内容をみても、本件売上先及び原告において、本件各事業年度当時は、不正な取引を隠して書類が作成され、原告においては本件売上高の全額が請負代金であることを前提として確定申告をしていたところ、本件売上先及び原告に対する租税調査で不正な取引を指摘されたことを受けて、自らが不正な取引を行った又は加担したことを内容とする自己に不利益な供述をするに至ったというものであり、自然的で、信用できる。さらに、原告代表者が本件所長に対し、本件架空外注加工費（ただし、別表５－３順号３０ないし３３の合計８４１万５０００円を除く。）に相当する額を現金で交付したことについては当事者間に争いがないところ（前提事実(2)ウ(ｱ)）、かかる事実は、架空の売上げを返金したという原告代表者の供述内容と整合する。これについて、被告は、同現金は交際費等であると主張するが、本件架空外注加工費の額は、平成３１年３月期において４３７５万０２００円、令和２年３月期において３２４１万４０００円、令和３年３月期において８９６９万８１５０円に上り、本件売上高（平成３１年３月期は１億３４１６万５６９３円、令和２年３月期は１億０８１８万１８７５円、令和３年３月期は１億４４７８万７１４２円）の約３割から６割を占めるのであって（別表４－１ないし５－３）、原告が、本件売上先から仕事を受注することができるようにするために自らの出捐で本件所長に贈与する金銭の額としては高額に過ぎるから、被告の主張は採用することができない。以上によれば、原告代表者の供述は信用することができ、本件売上高のうち本件架空外注加工費に相当する額は架空の売上げであると認められる。
ウ (ｱ) これに対し、被告は、本件所長の後任者が、再調査の反面調査において、要旨、①「■等の下請業者に工事を発注する際には、工事現場ごとに実行予算書を作成し本社の確認を受ける。」、②「■への工事の発注金額についても、本社に確認を受けた実行予算の中で決定しているため、発注金額を水増しするような余地はない。」、③「■への工事の発注金額の水増しはないため、当然水増しの事実を示すような書類等は存在しない。」などと回答した旨が記載された令和４年５月２０日付け調査報告書（乙１９）が作成されたことを指摘し、同後任者が架空の売上げの存在を否定しているから、本件売上高に架空の売上げが含まれているとは認められないと主張する。
しかし、同後任者は、本件売上高に係る取引に関与しておらず、同取引について直接自己の経験を供述できる立場にない上、上記の回答内容は抽象的で、本件売上高に係る取引に関して本件売上先において作成された各書類や当時の体制等を前提として、本件所長が売上げを仮装する余地がなかったことを具体的に指摘するものではない。かえって、同後任者は、原告代理人の聴取に対し、上記②について「私が所長在職中のことを説明したものであり、〔本件〕所長在職中のことを説明したものではない。〔本件〕所長が在職中の頃に限って言えば『発注金額を水増しするような余地はない。』とは言えなかった。…（中略）…〔本件〕所長は一人で発注金額の管理を行っていたので、〔本件〕所長が下請業者に指示をして、水増しをした請求書を出させれば、発注金額の水増しをすることは容易だったと思う。」と回答し、上記③について「私は調査官に『〔本件〕所長在職時の書類等は、〔本件〕所長が破棄したもので存在しない。』と説明した。私は〔本件〕所長在職時に発注金額の水増しが実際にあったのかどうかを知らなかったので、調査官に対して、『（〔本件〕所長在職時も）発注金額の水増しを行っていないため、水増しを示す書類等が存在しない。』という説明はしなかったと思う。」と回答しているところ（甲４６）、同内容は、本件売上先に対する税務調査の内容及び経過（認定事実(1)ク及びケ）と整合し、信用できる。
したがって、同調査報告書により、本件売上高に架空の売上げが含まれていることは否定されないから、被告の指摘は上記認定を妨げない。
(ｲ) また、被告は、真に本件売上高に架空の売上高が含まれているのであれば、本件各売上請求書控のうち、原告が架空である旨主張する具体的な工事名や、その請求金額に含まれる架空分の内訳を容易に明らかにすることができるはずであるのに、原告はこれを明らかにしないから、原告代表者及び原告の総務担当者の供述等が根拠を欠くと主張する。
しかし、原告代表者及び原告の総務担当者の供述によっても、本件各売上請求書控に記載された工事名及び請求金額は、原告において作成した「工事台帳」に記載された工事名及び金額を基に正規の請求金額を原告の経理担当者等が算出し、同金額に架空の売上高を加算するといった方法で定められたものではなく、本件所長が原告代表者に対し、口頭又はファクシミリ等により、原告が発行する請求書に記載する工事番号、工事名称及び金額並びに本件売上先に返金する金額及び時期を指示し、原告代表者が本件所長の指示に係る請求書に記載する金額から本件売上先へ返金する額を差し引いた額で工事を請け負うことで「原価割れ」が生じないかを原告の「工事台帳」に照らして確認して伝え、本件所長がこれを受けて返金額を調整等して定められたというのであるから、原告代表者と本件所長との間で合意された正規の請負代金額は、原告の「工事台帳」に記載された金額を基に算出した額ではなく、本件所長の指示に係る請求書に記載する金額から返金額を除いた額であり、工事名も原告が実際に施工した工事に対応するものでもない。そして、原告代表者は、本件所長の指示に係るファクシミリやメモを全て破棄したというのであるから、原告が税務調査や本件訴訟において、本件各売上請求書控のうち、原告が架空である旨主張する具体的な工事名や、その請求金額に含まれる架空分の内訳を容易に明らかにすることができるとはいえず、これを明らかにしないことによって原告代表者及び原告の総務担当者の供述の信用性に疑いを生じさせるとはいえない。
エ したがって、本件売上高のうち本件架空外注加工費に相当する額は架空の売上げであると認められ、原告と本件売上先との間で本件売上高の全額を請負代金とする請負契約が締結された事実は認められない。
(3) 小括
よって、本件売上高のうち本件架空外注加工費に相当する額は、法人税法２２条２項が規定する「有償…による…役務の提供…に係る当該事業年度の収益の額」に該当しないから、益金の額に算入されず、また、消費税法２８条１項本文の「課税資産の譲渡等の対価の額」に含まれない。
２ 争点３（税務調査の手続に本件各処分を取り消すべき違法があるか否か）について
(1) 原告は、原告が本件各修正申告書を提出した後に税務調査が行われたことが、国税通則法７４条の１１第５項に反し違法であると主張する。
しかし、前提事実(4)イないしエのとおり、本件各修正申告書は、その内容が本件当初調査結果説明における調査結果の内容と異なるから、「第２項の調査（中略）の結果につき」提出された修正申告書に該当しない。したがって、その後に行われた税務調査は国税通則法７４条の１１第５項に違反しない。
(2) また、原告は、本件調査担当職員が、修正申告の勧奨に従わない場合には勧奨した修正申告の内容に比して不利益な内容の課税処分を行う旨述べたとして、かかる税務調査手続は行政手続法３２条２項及び租税法律主義（憲法８４条）に違反すると主張する。
しかし、前提事実(4)及び(5)によれば、潮来税務署長は、前提事実(4)の調査の結果、本件各更正処分等をすべきと認め、これを行ったのであるから、「行政指導に従わなかったことを理由として、不利益な取扱い」（行政手続法３２条２項）をしたものではない。したがって、本件の税務調査手続は、同項及び憲法８４条に違反しない。
(3) 小括
よって、本件において、税務調査の手続に本件各処分を取り消すべき違法はない。
３ 争点４（本件各処分の理由の提示ないし理由付記に不備があるか否か）について
(1) 判断枠組み
行政手続法１４条１項本文及び法人税法１２７条４項が、理由の提示ないし理由付記を定めているのは、不利益処分の性質に鑑み、行政庁の判断の慎重と合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を名宛人に知らせて不服の申立てに便宜を与える趣旨に出たものと解され、そこにおいて要求される理由の提示ないし理由付記の内容及び程度は、特段の理由のない限り、いかなる事実関係に基づきいかなる法規を適用して当該処分がされたのかを、処分の相手方においてその記載自体から了知し得るものでなければならない。（最高裁昭和４５年（行ツ）第３６号同４９年４月２５日第一小法廷判決・民集２８巻３号４０５頁、最高裁判所平成２１年（行ヒ）第９１号同２３年６月７日第三小法廷判決・民集６５巻４号２０８１頁）
(2) 検討
本件各更正処分の通知書には、処分理由として、本件各総勘定元帳、本件各売上請求書控、原告名義の普通預金口座の元帳等の証拠書類を基に認定した具体的な事実及び当該処分の算定の根拠とした本件各工事の内訳並びにこれらを踏まえて、原告の法人税における所得金額の加減算、租税特別措置法６１条の４の適用関係、消費税の課税標準額及び控除対象仕入税額の増減に関する処分行政庁の法適用の判断が記載されている（甲１ないし９）。
また、本件青色取消処分の通知書に記載された理由付記として、本件青色取消処分の基因として認定した具体的な事実及び法人税法１２７条１項３号の規定を適用して本件青色取消処分をする旨が記載されている（甲１０）。
これらの理由の提示ないし理由付記により、いかなる事実関係に基づきいかなる法規を適用して当該処分がされたのかを、処分の相手方においてその記載自体から了知し得るから、いずれも理由の提示ないし理由付記として不備はない。原告の主張は、独自の見解であり採用することができない。
(3) 小括
よって、本件各処分の理由の提示ないし理由付記に不備はない。
４ まとめ
(1) 本件各更正処分の取消請求について
以上によれば、原告の納付すべき税額は、本件各事業年度に係る法人税及び本件各課税事業年度に係る地方法人税について、別表１及び２の「修正申告」の「納付すべき税額」欄記載の金額を上回らない（なお、令和３年３月期に係る法人税及び令和３年３月課税事業年度に係る地方法人税について、原告は、修正申告において、本件架空外注加工費のうち別表５－３順号１ないし３の合計１０６０万円〔乙７・別表３順号１ないし３〕を外注加工費として過大計上しているところ、同額は所得金額に加算されるが〔甲３・更正の理由の加算２〕、認定事実のとおり、同額は架空の売上げであるから、売上の過大計上として同額が所得金額から減算される。）。また、平成３１年３月課税期間及び令和２年３月課税期間に係る消費税等について、別表３の「修正申告」の「納付すべき税額」及び「納付すべき地方消費税額」欄記載の金額を上回らない。
令和３年３月課税期間に係る消費税等については、原告は、修正申告において、本件架空外注加工費のうち上記の合計１０６０万円を外注加工費として過大計上しているところ、同額は課税仕入れに係る支払対価の額に該当しない（甲９・更正の理由２(1)）一方で、同額の税抜金額は架空の売上であるから、課税資産の譲渡等の対価と認められず、課税売上割合が減少する。そうすると、別表６（同表中の項目及び番号は、原告の同課税期間に係る消費税等の修正申告書（乙１３の３）のそれによる。）の「裁判所認定額」欄記載のとおり、納付すべき消費税額は１９８６万９２００円（別表６・第一表⑱）、納付すべき地方消費税額は５６０万４１００円（別表６・第一表⑳）となる。
したがって、本件各更正処分の取消請求のうち、本件各事業年度に係る法人税、本件各課税事業年度に係る地方法人税並びに平成３１年３月課税期間及び令和２年３月課税期間に係る消費税等の各更正処分の取消請求は理由があり、令和３年３月課税期間に係る消費税等の各更正処分の取消請求は、上記の納付すべき消費税等の額を超える部分の取消しを求める限度で理由がある。
(2) 本件各賦課決定処分の取消請求について
上記(1)によれば、本件各賦課決定処分は、国税通則法６５条１項、６８条１項及び令和３年３月課税期間に係る消費税等については同法１１８条３項による要件を欠くから、違法である。
したがって、本件各賦課決定処分の取消請求は理由がある。
(3) 本件青色取消処分の取消請求について
本件青色取消処分は、本件事務運営指針３(1)イが規定する「更正後の所得金額（中略）のうち隠蔽又は仮装の事実に基づく所得金額（中略）が、当該更正所得金額の５０％に相当する金額を超えるとき」に該当しないため、これについて法人税法１２７条１項３号により本件青色取消処分をした潮来税務署長の判断には裁量権の逸脱又は濫用があり、違法である。
したがって、本件青色取消処分の取消請求は理由がある。
第４ 結論
よって、その余の点について判断するまでもなく、原告の請求は、前記第３の４のとおり、主文の限度で理由があるからこれらを認容し、その余は理由がないからいずれも棄却することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官 鎌野 真敬
裁判官 中出 明香
裁判官 中川 大夢
（別紙１－３）省略
（別表１～６）省略
